Phylogenetic supertree construction using constraint programming

Abstract

In biology, a phylogenetic tree, or phylogeny, is used to show the genealogic relationships of living things. It is a codification of data about evolutionary history. The tree of life shows the path evolution took to get to the current diversity of life and can help us also to search for the genealogy of disparate living organisms. In this thesis our aim is to provide a different approach for the construction of The Tree of Life. That is, we will propose a constraint programming solution to the decision problem of constructing a supertree that is compatible with a collection of given phylogenetic trees that share some species, which we will encode as constraint satisfaction problemsBiyolojide filo genetik ağaç, canlılar arası bağlantıları göstermek için kullanılır. Evrim tarihi hakkında veri kodlamasıdır. Hayat Ağacı günümüzdeki çeşitliliğe ulaşmadaki evrimin izlediği süreci gösterir ve birbirinden tamamen farklı yaşayan organizma soylarının araştırılmasında yardımcı olur. Bu tezde amaç Hayat Ağacının oluşturulmasında farklı bir yaklaşım sunmak. Karar verme problemleri ve optimizasyon problemlerine kısıt koşul programlama çözümü öneriyoruz, ki bunu da kısıt koşul sağlama problemleri şeklinde kodlayacağız